تزيل المعالجة الثانوية المواد البيولوجية المُذابة والمعلقة. تتم المعالجة الثانوية عادةً بواسطة الكائنات الحية الدقيقة الأصلية التي تنقلها المياه في موائل مُدارة. ولكن هذا الأمر غير مجدي على